is natuurlijk niet te vergelijken met een levenloze knuffel die vooral door één persoon wordt geknuffeld.
De agarkweek van Japies neus ziet er veelbelovend uit: een mengeling van witte, grijze en gele bacteriën. Er groeien dus daadwerkelijk verschillende bacteriekoloniën op Japie. Sterker nog: op het eerste gezicht lijken ze behoorlijk op de bacteriespikkels in de kweekbodem van mijn eigen neus. Dezelfde kleuren, dezelfde vormen. „Die geelgouden stippen zouden kunnen duiden op Staphylococcus aureus”, zegt Kort. Wéér die stafylokokken – net als bij de knuffels uit het Amerikaanse kinderziekenhuis. Het zijn bacteriën die hersenvliesontsteking en bloedvergiftiging kúnnen veroorzaken. Maar of ze dat doen, hangt af van de specifieke stammen, en waar ze zitten. „Op onze huid zijn ze vrij algemeen aanwezig, maar op een verkeerde plek– bijvoorbeeld in onze bloedbaan – kunnen ze levensbedreigend worden.”
Wattenstaafjes
Japie krioelt dus van het leven. Maar aan de agarplaat kleeft een nadeel, heeft Kort me al eerder gewaarschuwd: de voedingsbodem toont alleen de bacteriesoorten die goed gedijen op de gelei. Een compleet bacteriepalet komt er dus niet mee tevoorschijn.
Aanvankelijk leek zo’n eerste verkenning me voldoende, maar inmiddels ben ik nieuwsgierig naar meer.
Op aanraden van Kort neem ik contact op met BaseClear, een laboratorium in Leiden – zij verzorgen niet alleen microbioomonderzoek voor instituten maar ook voor geïnteresseerde particulieren, onder de noemer My MicroZoo. Via een videoverbinding maak ik kennis met directeur Derek Butler en met hoofdonderzoeker Radhika Bongoni. Aanvankelijk is er wat verwarring: is het een echte aap of een knuffelaap die ik wil laten onderzoeken? Ik haal Japie voor de camera, en weer verloochen ik hem in naam van de wetenschap: „He looks quite ugly of course…”
Butler en Bongoni vragen me wat ik precies wil laten onderzoeken. My MicroZoo blijkt zichspecifiek te richten op de microben in ontlasting – die zijn veel talrijker dan huidmicroben. Op basis van hun darmmicrobioom krijgen mensen vervolgens adviezen over voeding en leefstijl. Dus wil ik dan een vergelijk trekken tussen Japie en mijn poep? Ik antwoord met schaamrood op mijn kaken dat ik écht altijd mijn handen goed was na wc-bezoek.
De ochtend van de uitslag, opnieuw via videoverbinding, ben ik zenuwachtig
Uiteindelijk spreken we af dat ze me zes testkits toesturen, om zes monsters te nemen: van Japies snoet, van mijn wang, mijn oksel, mijn speeksel, mijn kussensloop en voor de volledigheid toch ook van mijn ontlasting, „gewoon omdat het interessant kan zijn hoe ánders de microben daarin zijn ten opzichte van de overige monsters”.
Elk wattenstaafje doop ik eerst in een soort zoutoplossing, en daarna strijk ik er tien keer mee over het te bemonsteren oppervlak. Bij Japie kleurt het wattenstaafje een beetje bruin zodra ik over zijn neus strijk. Elk staafje gaat in een apart buisje, en de zes buisjes samen gaan in een envelop naar het lab.
De wattenstaafjes worden geanalyseerd aan de hand van de dna-volgorde van het gen 16S-rRNA: elke bacterie heeft dat gen, maar bij elke soort ziet het er net wat anders uit. En zodoende kun je een compleet overzicht krijgen van alle bacteriesoorten in een monster. Er wordt gebruik gemaakt van een PCR-test, die ook hele kleine hoeveelheden kan detecteren.
De 16S-rRNA-methode is de moderne tegenhanger van de klassieke agarkweek. Hij is ‘kweekonafhankelijk’; er is meer gedetailleerde informatie uit te halen, al blijft het beperkt tot bacteriën. En omdat het dna betreft, is het niet te zeggen of de bacteriën dood zijn of leven. „Wil je ook weten welke virussen en parasieten er op je knuffeldier voorkomen, dan kun je gebruik maken van shotgun metagenomics”, zegt Bongoni. Daarmee kun je dna van álle aanwezige microben detecteren. Maar het is een relatief dure methode, en bovendien kunnen de monsters snel vervuild raken of een vertekend beeld opleveren. Mochten wetenschappers eens een grootschalig knuffelmicrobioomonderzoek willen opzetten, dan zou ik Japie best kunnen opgeven als vrijwilliger voor een shotgun-analyse. Maar voor nu lijkt de 16S-rRNA-methode me gedetailleerd genoeg: Bongoni en Butler zullen de resultaten met me doorspreken, en vertellen welke bacteriesoorten er relatief het meest veelvoorkomend zijn op Japie.
Gevoelige huid
De ochtend van de uitslag, opnieuw via videoverbinding, ben ik zenuwachtig. Wat als er nu daadwerkelijk een gevaarlijke soort is aangetroffen? Of wat als Japie qua bacteriën een perfecte replica van mijn ontlasting blijkt?
Wat dat laatste stelt Bongoni me direct gerust: van alle zes de monsters zijn het microbioom van mijn poep en van mijn speeksel verreweg het meest afwijkend. Als ik dus kwijl in mijn slaap, komt dat niet of nauwelijks op Japie of mijn kussensloop terecht. Maar uit de Powerpoint-presentatie die Bongoni heeft gemaakt, blijkt dat de overige vier monsters wel sterke overeenkomsten vertonen.
Voorzichtig peilt ze of ik een huid heb die gevoelig is voor acné. Ik beaam dat ik vroeger jeugdpuistjes had, en nog steeds wel af en toe een pukkeltje in mijn gezicht heb. Verreweg het meest veelvoorkomend op mijn gezicht is Cutibacterium acnes – een bacterie die bij iedereen te vinden is, maar die zich vooral thuisvoelt bij mensen met een gevoelige huid.
Een andere huidbacterie – Staphylococcus epidermis – heeft bij mensen met een ‘normale’ huid vaak de overhand. Bij mij zit die ook, maar in mindere mate. Beide soorten leven eveneens in mijn oksel, maar daar zijn ook twee Paracoccus-soorten rijkelijk vertegenwoordigd – soorten die zich thuisvoelen in vochtige, stikstofrijke omgevingen, zoals zweet.
Andere bacteriesoorten die hoog scoren op mijn huid zijn Enhydrobacter aerosaccus, en de geslachten Corynebacterium en Acinobacter. „Allemaal vrij normaal”, vinden Bongoni en Butler. Al benadrukken ze ook: n=1. Aan een onderzoek bij één knuffel en één persoon, op één moment in de tijd, zijn geen keiharde wetenschappelijke conclusies te verbinden. Ook een wetenschappelijk artikel uit 2016 uit de Journal of Investigative Dermatology stipt dit aan: „De 16S-rRNA-methode vangt microbenprofielen op een specifiek moment in de tijd.” Daardoor is het moeilijk om bijvoorbeeld vast te stellen of bepaalde huidbacteriën een ziekte hebben veroorzaakt, schrijven de auteurs.
Zowel mijn kussensloop als Japie blijkt qua samenstelling een duidelijke afspiegeling van mijn huid. Wel heeft Japie relatief meer Cutibacterium acnes, wellicht doordat hij in tegenstelling tot mijn kussensloop niet fris gewassen is. Ook draagt hij Paracoccus-bacteriën bij zich – niet verwonderlijk, omdat hij ’s nachts vaak tegen het stukje huid vlak bij mijn oksel ligt.
Eigenlijk, vat Bongoni het samen, is de bacteriegemeenschap op Japie een slap aftreksel van mijn eigen huidbacteriën. „Ze zullen zich beter thuisvoelen bij jou, omdat er op jouw huid meer voedingsstoffen te halen zijn. Maar vrienden die jou knuffelen, kunnen hem dus ook veilig knuffelen.” Butler voegt toe dat ik Japie een maand in een luchtdichte plastic box zou kunnen stoppen om te zien wat er dan nog over blijft qua bacteriën. „Ik vermoed dat hij er vrij steriel uitkomt…”
Een plastic box – dat kan ik Japie niet aandoen. Het is mooi geweest met het experiment. Vannacht slaapt hij gewoon weer bij mij in bed. Samen met alle bacteriën.